2003年初，广州遭遇传染性非典型肺炎（简称“非典”）疫情。“非典”，英文简称ｓａｒｓ（ｓｅｒｉｏｕｓ ａｔｙｐｉｃａ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙｓｙｎｄｒｏｍｅ），这是一种因感染ｓａｒｓ相关冠状病毒而导致的以发热、干咳、胸闷为主要症状，严重者出现快速进展的呼吸系统衰竭的新型呼吸道传染病。其特点为具有极强的传染性，特别是急性期患者呼吸道分泌物、血液病毒含量高，可通过近距离飞沫、接触患者的分泌物和亲密接触而感染，死亡率约在15%左右。当时社会上谈“非典”色变，人们一度陷入恐慌。

面对突如其来的“非典”，广州市各级党委、政府审时度势，沉着应对，依靠科学，果断决策，创建了一整套有广州特色的疫病控制工作制度和救治工作机制。

在“非典”疫情发生初期，广州市迅速指定医院定点收治病人，及时从其他医院抽调医护人员和医疗设备支援定点医院；拨出专款购置急需医疗器械和物资；统一调配广州地区各级各类医疗资源，明确一级、二级救治单位和医学观察单位；实行收治院长例会制度；对“非典”病人和疑似病人以及住院观察人员实施分类分级收治管理。

在疫情防控中，广州市在国内首创“以户为主”的隔离模式，有效切断了疫情传播途径。以钟南山为首的广州地区6个医疗单位参加的非典型肺炎防治协作攻关课题组结合临床实践，总结出“四早三合理”（早发现、早诊断、早隔离、早防治，合理使用皮质激素，合理使用呼吸机，合理治疗合并症）的治疗经验。该经验得到世界卫生专家肯定，并为世界各地提供借鉴。

为尽快获得“非典”快速、特异、敏感检测技术，广州市迅速研制出非典型肺炎基因诊断试剂盒，检出准确率达73%，产品合格率100%，成为国家批准用于“非典”快速检测的四种诊断试剂之一。

在抗击“非典”的关键时刻，中共中央总书记、国家主席胡锦涛，国务院总理温家宝心系人民群众，不顾个人安危，分别于4月14日和4月30日到广州深入一线视察、慰问和指导，给广州人民以巨大的温暖、鼓舞和鞭策。

是年，广州累计报告“非典”病例1273例，累计治愈出院1229例，死亡率仅为3.45%，创造了全世界最高的治愈率和最低的死亡率，在全省和全国抗击“非典”中发挥了主战场和主力军作用。