1916年，龙济光部将在广州海珠岛制造了枪杀讨袁人士的流血事件，史称海珠凶杀案。

龙济光统治广东时，广东人民从未停止过反袁讨龙的斗争。袁世凯复辟帝制后，1915年12月25日，蔡锷、唐继尧通电宣布云南独立，各派反袁力量组成护国军，进行护国战争。广西陆荣廷于1916年3月15日响应独立，3月下旬，桂军进兵梧州促龙济光独立。云集广东的各派反袁力量，在护国的旗帜下，掀起讨龙斗争的新浪潮。朱执信的中华革命军、陈炯明的共和军、进步党徐勤的护国军，纷纷逼近广州。4月6日，徐勤属下护国军攻城司令魏邦平统率舰队进入广州白鹅潭，声言开炮攻城。在各方面反袁武装攻势面前，龙济光统治集团内部也开始分化，潮州、汕头驻军莫擎宇部和钦廉镇守使隆世储部、肇罗阳镇守使李耀汉部先后宣布独立讨袁。在桂军压境、民军蜂起、部属不稳、各路讨袁军兵临广州的情势下，龙济光密电请示袁世凯，得袁“独立拥护中央”的回电后，于4月6日宣告“独立”，以作缓兵之计。龙济光虽宣布独立，但态度暧昧，通电中并未指斥袁世凯，引起广东民军不满，纷纷要求龙济光退位。为了保住自己的地位，龙济光与正在率领护国军向广东进发的陆荣廷和梁启超联系，邀请护国军派出代表到广州谈判。

4月12日，两广各界代表在广州海珠岛水上警署集会，讨论广东独立后的善后问题。出席会议的有陆荣廷与梁启超的代表汤睿（觉顿）、广东护国军总司令徐勤、广东警察厅长王广龄、陆军少将谭学夔、中路民军司令吴仲铭、北路民军司令王伟、商团团长岑伯著以及龙济光的警卫军统领颜启汉、潘斯凯、贺文彪、蔡春华等。会谈中，颜启汉等以及卫士突然开枪，汤睿、谭学夔当场被打死，王广龄、吕仲铭等受重伤，不治而亡，徐勤、王伟负伤逃走。这就是震动一时的海珠凶杀案。

惨案发生后，龙济光贴出布告，谓因误会致死，劝人民勿要惊疑。凶手颜启汉、蔡春华等均逍遥法外。经过海珠之变，龙济光假独立的真面目暴露无遗。孙中山、朱执信、陈炯明等皆力主用武力驱逐龙济光。龙济光知道事态严重，立即派张鸣岐到梧州向陆荣廷、梁启超解释，19日又亲自出马，到肇庆同陆、梁进行解释和谈判。陆荣廷和梁启超对龙的作为本来极为不满，起初拟用武力对付，但考虑到保持龙济光在粤的地位，对抵制中华革命军也会有好处。因此，以不要境内“自生葛藤”为借口，主张对龙济光妥协，并于4月20日与龙济光达成五项协议：一、在肇庆成立两广都司令部，以岑春煊（曾任清两广总督，与西南关系极深）为都司令；二、龙济光仍暂任广东都督；三、枪毙袁世凯派驻广东的得力爪牙、四省禁烟督办蔡乃煌；四、龙济光从速调兵北伐；五、民军善后由岑春煊负责。

4月24日，龙济光下令枪决蔡乃煌，5月1日，护国军两广都司令部在肇庆成立，海珠凶杀案就这样了结了。但龙济光不履行协议，不肯出师北伐，却借口准备北伐大肆扩军、筹饷。