广东军政府建立后，军事问题异常复杂，在省城有新军、防营、龙济光济军以及号称十万之众的民军。各地民军素缺乏训练，纪律松弛，开入广州后，穿着便衣，携带武器，四处游行穿插，更有歹徒混迹其中，因而形成兵匪难分的状态。加上城内烟赌遍地，民军官兵亦有因赌败而抢劫者，故市民提心吊胆，无法安居乐业。

民军成份庞杂，其基本成员有赤贫农民、会党、绿林、乡团及溃散的防营，虽纪律、训练与装备均极差，但人众气壮，不易控制。根据香港《华字日报》1912年1月16日、17日、20日的统计，广州民军4000人以上者有5个军：（一）澳字练演成6700人；（二）兰字陆兰清5500人；（三）康字周康4500人；（四）建字黎萼4000人；（五）惠字王和顺4000人。以上共24700人。其他4000人以下者有25个军，共计25000多人。人数未详者有14个军。故驻广州民军，总数在50000人以上，其中不包括已被陈炯明改编为第一军所部的循军。

光复广东，民军有其功劳，但其入城后表现，却为社会所诟病。先后以刘永福、黄世仲为总办，军政府曾设民团督办处，管辖、编练新军，以图统一各军，均毫无成效。胡汉民随孙中山北上后，陈炯明代理都督，即于12月27日令同盟会召集各民军统领开会，讨论维持省城治安，责令对所部严加约束，不得再有不法情事。处理民军问题，已提到议事日程上来了。

武昌起义后，陈炯明在惠州活动，依靠邓铿，组织民军，又逼降广东陆路提督秦炳直，占领惠州，将所部循军编为七个旅，提兵入穗，被选为副都督。他将循军改为第一军，计两师，分别由钟鼎基、苏慎之任师长。又夺得王和顺新购二十余万元之德国制造军械，其实力雄视各军。王和顺原籍惠州甲子步，向在粤西一带活动，孙中山任他为中华民国南军都督，专办钦廉军务，又指挥河口起义，被誉为“论功不让黄近午（黄兴字）”。武昌革命军起，和顺自港赴惠州，独自募集军饷供应，在惠州发展。广州光复，和顺率所部17营入广州，号惠军。惠军办事处（镇部）设于回龙社旧军医学堂，卫队一营分驻海味街、太平沙、增沙等处。所统两协，一协驻于接官亭，一协驻旧海关署。驻省惠军千余人，其余驻东莞虎门及黄埔。王和顺与关仁甫结为兄弟，与杨万夫友善，故陈炯明的打击对象以惠军为主，兼及仁军、协军。

2月27日，陈炯明以“屡抗命令、扰害治安”等罪名，枪杀石锦泉，包围解散石字营民军。3月7日、8日，陈炯明所部又多次向惠军驻地开枪寻衅。9日下午又派队向惠军永汉街驻地开枪，引起惠、仁、协军反击。从9日至12日，陈军与惠军及其盟军在天字码头、长堤、永汉街、仓前街、广府前及财政司署前等处交战，陈军发开花炮，市民伤亡、财产损失惨重，军民死者二千余人。王和顺在冲突起后避往沙面，后赴港。惠、仁、协军失败后，被缴械。陈炯明又派兵攻取惠军黄埔、虎门等驻地、炮台。经此打击，民军受陈炯明控制、裁撤，1912年4月又枪决民军总办黄世仲。至1913年4月，民军被裁去十分之九。