20世纪初年，广州基督教华人牧师杨襄甫、招观海以及20年代初期的谭沃心等先辈，对教会长期倚赖外国差会津贴，受传教士之控制，有所觉悟。他们认为中国教会必须实现“本色化”，以洗刷“洋自教”的恶名。于是提出教会要实行“自治、自养、自传”，摆脱差会的控制，实行独立自主办教会的宗旨。自那时起，广州有部分礼拜堂已达到这目的了。但在旧中国，仍然受到传教士在思想上的影响。故可说这是不够彻底的“三自”，因与差会尚有千丝万缕的联系。

中华人民共和国成立后，广州教会喜获新生。爱国爱教的中国基督徒长久渴望完全独立自主、自办教会的时机终于来临了。1950年4月，中华基督教青年会全国协会的吴耀宗先生(广东顺德人)同各地部分知名的教会领袖谒见周恩来总理，要求政府协助解决教会面临的困难。经过三次详谈，根据中国基督徒在多年前所提倡的自治、自养、自传的方针，决定发起“三自爱国运动”。此议得到周总理的赞同和支持。会后，由吴耀宗起草《中国基督教在新中国建设中努力的途径》一文，简称《宣言》。中国各教派教会领袖40人率先在《宣言》上签名，其中广州教会有招观海、胡翼云、汪彼得、熊真沛四位牧师。《宣言》发至全国各地教会，获得广大教会负责人的拥护，签名者有1500多人。《人民日报》于1950年9月23日刊登此消息时，配发社论，极表支持。从此中国基督教会，即以该日为“三自爱国运动纪念日”。50多年来，广州基督教会与全国教会一样，积极参加反帝爱国活动，坚决拥护中国共产党的领导，与祖国人民同呼吸、共命运，为人民大众所欢迎与认同。

当改革开放春风吹来，琴声复起，广州五大宗教(佛教、伊斯兰教、道教、天主教、基督教)又复苏了。1990年2月，广州市基督教第七届代表大会公布：11年来，市内已有东山堂、锡安堂、十甫堂、河南堂、救主堂、芳村堂、沙河堂以及男、女青年会重新开放。越秀区之光孝堂亦已修建完毕，于1991年底举行复堂典礼。在郊县恢复了花县之赤坭堂、白坭堂点，从化之街口堂，番禺之市桥堂，白云区之江村堂点，黄埔区之波罗庙堂点。1985年4月广州市基督教三自爱国会、广州市基督教协亦办起了“仁爱社会服务中心”，属非盈利性质的社会服务机构。开幕之日，副市长李兰芳与市政协副主席陈绮绮亲临指导。

截至1992年，广州市区有信徒1。2万名，连郊县为1。5万多人。这个数字不包括11年来已谢世的教徒。基督教过去宗派林立，分门别户的局面已不复见。在信仰上互相尊重，求同存异，共同进步，成为中国基督徒自己的教会。现在广州教会教牧人员，被选为各级人民代表与政协委员者多人。教徒在社会主义两个文明建设中获得积极分子和先进人物称号的亦大有其人。这都是在中国共产党和政府的教育鼓舞下所取得的成就。