1946年6月，国民党当局悍然发动全面内战。为了加强其反动统治，广州国民党当局采取了一系列强化治安的措施，阴谋将广州的革命力量“斩尽灭绝”。面对这一严峻的形势，中共广东区委决定，撤销中共广州市委，实行特派员制，改为单线联系，确保组织的安全。中共广州特派员由钟明担任，直到1949年10月广州解放(1948年8月，钟明任中共中央香港分局城市工作委员会副书记，但仍兼任广州特派员，他不在广州时，由陈翔南联系各大线头)。改设特派员之后，中共广州地方组织遵照中共广东区委提出的“长期坚持，准备力量，等待时机”的方针，将一些已暴露身份的党员撤往农村进行武装斗争，市区只留下约100名党员，以各种社会职业作掩护，开展隐蔽斗争。在斗争策略方面也相应作了调整。主要是通过群众组织出面，党组织不直接组织大规模的群众运动。1946年12月24日，北平发生美国士兵强奸中国女大学生沈崇的事件，广州中山大学的中共组织，即通过其成员联合进步同学，成立“国立中山大学抗议美军暴行，声援沈崇案件委员会”，于1947年1月7日，组织发动各大专院校学生3000多人举行示威游行。取得胜利之后，中共广州地方组织认为，成立党的秘密外围组织条件已经成熟，便于1947年3月29日，成立了“中山大学爱国民主运动协会”，作为党的外围组织，严格遵守《秘密工作条例》开展工作。同年5月31日，为了声援南京“五二○”爱国民主运动，在“中大爱协”的组织发动下，中山大学学生2000多人举行“反饥饿、反内战、反独裁”的游行示威，遭到反动当局的血腥镇压，造成50多人受伤，48人被捕的严重事件，进一步暴露了国民党政府的反动本质，激起社会各界的强烈谴责。经中共广州组织开展营救活动后，迫使当局陆续全部释放被捕师生。在学生运动的推动下，广州工人也开展了一系列的罢工、怠工、请愿等斗争。这就形成了广州地区反对国民党政权的第二条战线。

　　随着解放战争形势的发展，1947年7月，中国人民解放军开始在全国范围内进入战略反攻阶段，国民党反动当局变本加厉地镇压国民党统治区的爱国民主运动。7月4日，国民党政府发出“戡平共匪叛乱总动员令”，宣布任何民主和平运动均为“法外之滋扰”，“均应严行防制”。广州国民党当局采取加强户籍管理和保甲制度等措施加紧对人民群众的控制。中共广州地方组织根据这一新情况，又及时地调整了斗争策略，决定“以公开合法活动为主，更广泛深入地团结教育广大群众，并使合法斗争与非法斗争相结合，两种斗争方法，交替使用，以合法活动掩护非法斗争，在条件成熟的情况下，也不放弃公开进行非法斗争”(钟明、李国霖：《为了祖国南大门的黎明》，见《广州党史研究》，1989年第3期。)。并坚持有理、有利、有节的斗争原则。在组织形式上，把中山大学建立爱国民主协会的经验推广到各大专院校和中学。在各大学建立的组织统称“广州爱国民主协会”，在各中学建立的统称“广州学生联合工作协会”，1949年初，将两个学生组织统一更名为“广州市学生联合会”(内部简称广州地下学联)，作为团体会员加入全国学生联合会。到1949年10月，共有成员1400多人，其中广州地区1300多人，广西、湖南两省有100人左右。鉴于广州地下学联在第二条战线斗争中所起的重要作用，经中共中央香港分局城工委批准，中共广州地方组织从1948年9月起至1949年秋止，又先后建立了“广州工人协会”、“广州新民主主义教育工作者协会”(含“教授协会”)、“广州新民主主义经济工作者协会”，“广州新民主主义妇女联合会”(后称“广州民主妇女联合会”，简称“广州地下妇联”)、“解放军之友社”等5个党的外围组织，共有成员600多人。

　　中共广州地方组织通过上述6个外围组织，开展各种活动。如广州地下学联，在1948年冬，曾通过在国立华侨第二师范学校的成员，以该校学生会的名义，组织了连续几天的断炊拍卖活动，揭发国民政府只顾打内战，不顾师生死活的事实。学生们还组织卖花队、擦鞋队、拍卖队，向群众发表街头演说，散发《告社会人士书》。这一别开生面的活动，得到社会各界的同情与支持，各种报刊发表消息和评论，收到良好的效果，这是一次成功的特殊形式的斗争。

　　1949年4月，南京解放之后，国民政府机关南迁广州苟延残喘，为了加强对作为“战时首都”的广州的统治，他们首先把矛头指向进步力量最集中的中山大学。7月23日零时，广州警备区司令部派出近千名便衣特务和军警，举着一面“捣乱治安者杀无赦”的黑旗，包围中山大学校园，共捕去进步师生150多人。事件发生后，激起社会各界的震惊和义愤，中共广州地方组织，立即采取各种措施开展营救活动。由于敌人未能找到任何证据或线索，所有被捕师生，均先后获释，敌人镇压进步力量的阴谋又一次被挫败。