1999年，广州市启动领导干部任期经济责任审计工作，审计对象是市管大中型企业的正职负责人和县级以下党政领导干部。2001年，根据省委、省政府的要求，广州市以市委办公厅、市政府办公厅名义印发《广州市党政领导干部任期经济责任审计实施办法（试行）》和《广州市国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计实施办法（试行）》（穗办〔2001〕26号）（简称《办法》）的通知，正式建立广州市领导干部任期经济责任审计制度。随后，广州市建立经济责任审计工作联席会议制度，成员单位由市纪委、市委组织部、市监察局、市人事局、市审计局、市财政局、市国资委组成。市审计局（或与市经济责任审计工作联席会议有关单位）制定《区、县级市党政领导干部经济责任审计实施细则》、《广州市审计机关党政领导干部任期经济责任审计操作指南（试行）》、《广州市领导干部（人员）任期经济责任审计前公示办法（试行）》。

《办法》规定，市、区、县级市直属单位的党政领导干部任期届满、届中，或者任期内办理调任、转任、轮岗、免职、辞职、退休等事项前，应当接受任期经济责任审计；国有企业及国有控股企业的法定代表人任期届满，或者任期内办理调任、降职、免职、辞职等事项前，或者企业进行改制、改组、兼并、出售、拍卖、破产等国有资产重组时，均应接受任期经济责任审计。审计的重点包括如下内容：执行国家财经法规情况，部门预算执行情况和决算情况，专项资金、基金和国有资产管理及使用情况，内部控制制度建立和执行情况，重大经济事项决策情况及结果，遵守廉政规定的情况等事项。《办法》明确，组织人事部门应当将审计结果同干部选拔考核、培养教育工作结合起来，作为领导干部选拔、调整、聘任的参考依据，并建立领导干部审计档案。《办法》还规定，市各级审计机关和部门、群众团体和事业单位内部审计机构，应按照领导干部的管理权限和财政、财务隶属关系，分级分层次实施审计。

审计工作联席会议加强对领导干部经济责任审计工作的领导和组织实施。每年10月，市委组织部提出下一年度经济责任审计名单，提交审计工作联席会议研究，正式制定下一年度经济责任审计计划。各部门各司其职，运用审计结果，加强对领导干部的监督管理，应当给予党纪政纪处分的，由上级机关或纪检监察机关处理，应当依法追究刑事责任的，移送司法机关处理。广州市组织部门将经济责任审计结果作为对领导干部的调任、免职、辞职、退休等提出审查处理意见时的参考依据。

1999年，广州市任期经济责任审计对象是市管大中型企业的正职负责人和县级以下党政领导干部。2001年，开始市政府直属部门党政领导干部经济责任审计试点工作。2002年，全面铺开这项工作。2003年，开展区、县级市党政领导干部经济责任审计试点工作。在经济责任审计中，查处领导干部（人员）所在单位存在的一些问题，划分领导干部（人员）的经济责任。2001年至2005年，广州市审计机关根据党委组织部门委托建议，安排实施任期经济责任审计，共审计了1 001人，其中：党政领导干部863人；国有及国有控股企业领导138 人。审计查出违规金额1 372 863万元。其中：应负主管责任金额1 173 191万元，应负直接责任金额199 672万元,查出管理不规范金额1 007 859万元。其中：应负主管责任金额948 516万元，应负直接责任金额59 343万元。广州市审计机关建议给予党纪政纪处分的有3人，移送纪检监察部门的有23人、移送司法机关的有2人。