1858年（清咸丰八年）11月，英国迫使清政府在上海签订中英《通商章程善后条约》，规定：“通商各口收税如何严防偷漏，自应由中国设法办理，条约业已载明。然现已议明，各口画一办理，……任凭总理大臣邀请英人帮办税务。”在中美、中法通商章程中也都有这条规定，即美、法亦有“帮办税务”之权。这些规定，为外国侵略者劫夺中国海关洞开了大门。

1859年（咸丰九年）英法联军占据广州后，外国商人与内地人勾串，猖狂走私，致使粤海关税收锐减。两广总督劳崇光和粤海关监督恒祺“恐侦缉太严，则衅端易启”，不得已决定仿效上海江海关的做法，依照《通商章程》第十款关于请洋人帮办税务的规定，聘洋人到粤海关帮办税务。同年10月，主管江南五口海关税务的英国人李泰国亲赴广州活动，并依照上海的办法，任命英国人费士来为粤海关税务司（费士来未到任前由美国人吉罗福代理），又任命英国人赫德和马察尔为副税务司，并分驻广州大关和黄埔，管办税务。经过一年的试行后，税务有所起色，遂于咸丰十年八月十七日（1860年10月1日）正式设立粤海新关，即粤海关税务司署，署址在南海县城外沙基（今沿江西路29号），第一任税务司美国人吉罗福，副税务司为英国人赫德和马察尔。粤海关税务司署成立后，官函仍称粤海关或粤海新关，外商以其为粤海关正宗代表，民间称“洋关”。此后所称粤海关即指此新关，原粤海关机构改称粤海常关。此后，粤海关在广州口岸的行政管理机构及进出口监管业务一分为二，粤海新关则专责监管与征收广州口岸的外轮货税和船钞，民船贸易由粤海常关管理。《辛丑条约》签订后，粤海50里内常关于光绪二十八年（1902）移交税务司管辖，1931年粤海50里外常关也由粤海关接管理。至此，广州口岸始实行统一的海关机构。

由于广州邻近港澳的特殊地理位置及历史原因，粤海关在执行全国统一的条例和规定的同时，还经常根据实际情况制订一些具体措施，这些措施往往为各地海关参照执行。因此，粤海关成为一些重大业务制度调整、改革的先行点或试行点。如咸丰十年（1860）粤海关颁行的《对来往广州口岸一般轮船章程》及《来往穗港澳轮船章程》，是最早由外籍税务司制定的船舶监管章程，后成为总税务司赫德制订全国海关船舶监管章程的基础。

粤海关税务司署成立初期，名义上仍受两广总督管辖，具体事宜由粤海关监督处理，实际上税务司只对总税务司负责。粤海关税务司及高级职员均由外国人担任，而粤海关的大权控制在英国人手中。

英国人控制粤海关大权，在政治上给中国带来极大危害。它使中国南大门因丧失粤海关行政管理权而被打开，外国军舰、商船可毫无约束地往返广州港口。税务司通过粤海关搜集广州地区乃至整个华南政治、经济、军事、文化诸方面的情报，咸丰十年（1860）起每年编制的贸易报告和统计册，1882年开始编写的“十年报告”（以10年为一期，至1931年止，共编写了5个“十年报告”），内容涉及广州乃至华南地区政治、经济、军事、文化教育、新闻出版、医疗卫生、工业、农业、商业、交通运输、财政金融、货币物价、邮政、市政建设、自然灾害、民俗风情等，是帝国主义侵略中国的重要情报。税务司还以其特殊身份，不时插手广州和广东的政治、外交事务，干涉中国内政。

英国人控制粤海关，在经济上也使广州港乃至整个中国遭受惨重损失。粤海关实行一套半殖民地化的海关制度，长期执行严重损害中国主权和利益的“协定税则”，一律实行“值百抽五”税率。这种“失控”的税率严重影响了广州港的外贸，便利了西方资本主义国家向中国倾销商品和掠夺原料，直接或间接地影响了中国财政和民族工商业的发展。