1959年3月27日～4月6日，召开中共广州市第二次代表大会，会议选举产生了中共广州市第二届委员会。选出市委委员37名，候补委员15名，常委13名，书记处书记7名。

　　1959年4月7日，中共广州市第二届委员会召开第一次全体会议，选举市委常委及书记处书记。

　　第一书记　　王　德(省委书记处书记兼)

　　书　　记　　赵武成　朱　光　曾　志(女)　薛　焰　焦林义　梁　湘

　　常　　委　　王　德　赵武成　朱　光　曾　志(女)　薛　焰　焦林义　梁　湘

　　            赖大超　曾昌明　王炎光　杜祯祥　孙乐宜　钟　明

　　1960年5月，市委设立第二书记，1961年7月，增设常务书记，1964年2月，增设第三书记，同年2月，调整了第一书记，同年5月，增设市委候补书记。调整后的第二届市委领导成员：

　　第一书记　　王　德(省委书记处书记兼，任至1965.2)　雍文涛(省委书记处书记兼，1965.2任)

　　代理第一书记　　赵武成(省委书记处书记兼，1960.7～1962.9)

　　第二书记　　赵武成(兼，1960.5～1963.9任)　焦林义(省委常委兼，1965.2任)

　　第三书记　　曾　生(省委常委兼，1965.2任)

　　常务书记　　焦林义(1961.7～1965.2)

　　书　　记　　赵武成(任至1960.5)　朱　光(任至1960.8)　曾　志(女，任至1965.10)

　　            薛　焰(任至1962.5)　焦林义　(任至1961.7)　梁　湘　曾　生(1960.12～1965.2)

　　            杜祯祥(1961.3任)　梁　嘉(1962.3～1964.2)　朱　荣(1962.3～1964.4)

　　            薄怀奇(1964.2任)

　　候补书记　　杨　毅(1965.5任)

　　常　　委　　王　德(任至1965.2)　赵武成(任至1963.9)　朱　光(任至1960.11)

　　            曾　志(女，任至1965.10)　薛　焰(任至1962.5)　焦林义　梁　湘

　　            赖大超(任至1960.9)　曾昌明(任至1961.1)　王炎光　杜祯祥　孙乐宜

　　            钟　明　刘士杰(1960.9任)　李广祥(1960.9任)　曾　生(1960.12任)

　　            侯富山(1961.3任)　胡敬一(1961.3～1965.11)　朱　荣(1962.3～1964.4)

　　            梁　嘉(1962.3～1964.2)　薄怀奇(1964.2任)　雍文涛(1965.2)

　　            杨　毅(1965.5任)　秦永桥(1965.10任)

　　秘 书 长　　王炎光

　　副秘书长　　孙伽俐(1960.9～1961.10)　邢刚明(1961.5任)　徐　亮(1962.4～1964.10)

　　1965年2月，市委进行了调整，至1967年3月以后，由于“文化大革命”的冲击，市委机关陷于瘫痪。这段时间的市委领导成员如下：

　　第一书记　　雍文涛(省委书记处书记兼，1965.2～1966.6)

　　代理第一书记　　焦林义(省委常委兼，1966.6～1968.3)

　　第二书记　　焦林义(省委常委兼，1965.2～1966.6)

　　第三书记　　曾　生(省委常委兼，1965.2任)

　　书　　记　　梁　湘　杜祯祥　薄怀奇　郑星燕(1966.9～1968.12)

　　候补书记　　杨　毅

　　常　　委　　雍文涛(任至1966.6)　焦林义　梁　湘　王炎光　杜祯祥　孙乐宜　钟　明

　　            刘士杰　李广祥　曾　生　侯富山　薄怀奇　杨　毅　秦永桥(任至1966.11)

　　            郑星燕(1966.9任)　阳　震(1966.11任)

　　秘 书 长　　王炎光

　　副秘书长　　邢刚明

　　市委委员　　朱　光　赵武成　曾　志　焦林义　杜祯祥　侯采苓　王炎光　戈　枫

　　            刘士杰　李金锡　李广祥　林　西　封贯之　梁　湘　梁　煦　曾昌明

　　            赖大超　薛　焰　王　德　孙伽俐　苏　民　樊志刚　李　辉　胡敬一

　　            罗培元　廖立民　孙乐宜　穆振武　余　慧　江祯祥　陈新丰　侯富山

　　            魏　轩　慕　君　钟　明　易　铸　杨春华

　　递补市委委员　　华　嘉(1960.9.5)

　　增补市委委员　　王冕农　程怀山　周希友(均为1961.3.7任)

　　候补市委委员　　华　嘉(1960.9.5)　王冕农　程怀山　周希友　胡楠卿　汤国良

　　                高昆峰　徐　亮　李　文　钟　非　毕醒愚　曾艾荻　张　谦

　　                黄明达　谭卓芬

　　1959年3月后，市委下辖河南区、东区、北区、中区、西区、郊区等6个区委。1960年4月，花县、从化县两县划归广州市。1961年5月，佛冈县划归广州市(1963年6月改隶韶关地委)，1964年5月，市委为了加强对财贸和城建系统的领导，设立财贸政治部和城建政治部。直至1966年5月，市委辖东山、越秀、荔湾、海珠、郊区等5个区委和从化、花县两个县委。

　　在此期间，市委除上述机构外，还设有市委农村工作委员会、文教部、直属机关党委、政法委员会、工业交通工作部、工交政治部、财贸政治部(工作部)、街道工作委员会等工作机构。