１９８４年，广州市医药工业研究所被列为广州市科技体制改革的试点单位，同年１０月，实行经济自立，自负盈亏，成为全国医药行业首家由事业费拨款改为成果有偿转让、经济自立的研究所。

广州市医药工业研究所为全国医药工业９个重点研究单位之一，隶属广州市医药总公司。该所原称广东省医药工业研究所，是１９７２年１０月在广东省医药工业公司科研队伍的基础上组建的，当时以研究中草药为主。１９７４年４月，原广州中药总厂研究室并入该所。该所改名为广州市医药工业研究所，逐步向药理、药物分析、技术情报方面发展。

在科技体制改革以前，广州市医药工业研究所和全国科研单位一样，科研经费由国家行政拨款，缺乏内在经济动力和活力，未能充分调动起科技人员的积极性。该所实行经济上自负盈亏后，对外实行成果有偿转让，实行科研任务有偿合同制；对内实行科研经济责任制，进行课题、生产承包，科技人员的积极性得到有效的调动。１９８５年，实行所长负责制。当年，全所的科研项目从１９项增加到３２项，获得成果并通过鉴定的项目比１９８３年增加了１倍多，盈利１５０多万元。其后，该所又实行以专业为主，开辟跨行业跨学科的课题研究，成功地开发出益尔精、田七人参皂甙、九九春护发素等系列产品，并转让给其他行业的厂家生产。

广州市医药工业研究所迅速形成以科研为主体，生产、经营为两翼的企业。１９８５年总收入达到４３６．４７万元，１９９０年达１１１５万元，比１９８５年增长２１０％，上缴国家税金１３３万元。１９９０年拥有注册资金１１３８万元，其中固定资产８６０万元。全所有职工４５８人，专业技术人员占５５％。从事科研工作的有高级工程师１６人，工程师５２人，助理工程师７０人，技术员２３人。主要研究部门有天然药物研究室、合成药物第一研究室、合成药物第二研究室、药物制剂研究室、生化免疫药物研究室、药理研究室、药物代谢研究室、毒理研究室、药物分析室、技术信息室、实验动物研究室和实验车间。